Příběh alternativy, která nebyla

ledna oznámil virolog Leondios Kostrikis v místní televizi, že jeho výzkumná skupina na Kyperské univerzitě v Nikósii identifikovala několik genomů SARS-CoV-2, které obsahují prvky jak delta, tak omikronových variant.

Kostrikis a jeho tým, přezdívaný „Deltacron“, ten večer nahráli 25 sekvencí do oblíbeného veřejného úložiště GISAID a dalších 27 sekvencí o několik dní později. 8. ledna, Bloomberg finanční zpravodajství Příběh vyzvednuta Deltacron se staly mezinárodními zprávami.

Reakce vědecké komunity byla rychlá. Několik specialistů oznámilo na sociálních sítích a tisku, že sekvence 52 nenaznačuje novou variantu a není výsledkem rekombinace – genetického sdílení informací – mezi viry, ale místo toho může být výsledkem kontaminace v laboratoři.

„Neexistuje nic takového jako #Deltacron,“ Krutika Kubali tweetoval, člen technického týmu Světové zdravotnické organizace COVID-19 se sídlem na Lékařské univerzitě v Jižní Karolíně v Charlestonu, leden. „#Omicron a #Delta nebyly skvělou variantou.“

Šíření dezinformací

Příběh o tom, jak se malá část sekvencí SARS-CoV-2 stala předmětem krátké a intenzivní vědecké debaty, je složitý. A zatímco někteří výzkumníci chválí systém za to, že rychle odhalil potenciální sériovou chybu, jiní varují, že události minulého týdne mohou poskytnout varovný příběh o šíření dezinformací během pandemie.

Kostrikis říká, že aspekty jeho původní hypotézy byly nepochopeny a že – navzdory matoucímu názvu některá média považovala sekvence za rekombinantní delta-omikronový virus – nikdy neřekl, že sekvence představují směs těchto dvou.

Nicméně 72 hodin poté, co vědci nahráli sekvence, je Kostrikis odstranil z databáze veřejnosti a čekalo se na další vyšetřování.

Více než 7 milionů genomů SARS-CoV-2 bylo nahráno do kanceláře GISAID ve Washingtonu, DC, říká Sheryl Bennett, úřednice v kanceláři GISAID Foundation ve Washingtonu, DC. GISAID Databáze od ledna 2020 by některé chyby serializace neměly být žádným překvapením.

„Nicméně unáhlené závěry o datech, která právě poskytly laboratoře, které se ocitly pod velkým časovým tlakem, aby generovaly data včas, žádnému vypuknutí nepomůže,“ říká.

Chyba sekvence?

Sekvence „Deltacronu“ byla vytvořena ze vzorků viru, které Kostrikis a jeho tým získali v prosinci v rámci snahy o sledování šíření variant SARS-CoV-2 na Kypru. Při zkoumání některých jejich sekvencí si vědci všimli genetického podpisu podobného omikronu v genu pro spike protein, který pomáhá viru vstupovat do buněk.

V dopise komu temperamentní povahaKostrikis vysvětluje, že jeho původní hypotéza byla, že některé částice viru delta nezávisle vyvinuly mutace spike genu podobné těm, které jsou běžné v Omicronu. Po rozsáhlém zpravodajství však další vědci pracující na genetickém sekvenování a COVID-19 poukázali na jinou možnost: laboratorní chybu.

Sekvenování jakéhokoli genomu je založeno na primerech – krátkých segmentech vyrobené DNA, které slouží jako výchozí bod pro sekvenování vazbou na cílovou sekvenci.

Delta má však mutaci v pichlavém genu, která snižuje schopnost některých primerů se na něj vázat, což ztěžuje sekvenování této oblasti genomu. Omicron tuto mutaci nesdílí, takže pokud se do vzorku přimíchají nějaké částice Omicron kvůli kontaminaci, sekvenovaný gen může způsobit, že špička bude vypadat podobně jako u Omicron, říká Jeremy Kamil, virolog z Louisiana State University Health Shreveport. .

Tento typ kontaminace je „velmi běžný,“ říká Kamel.

Kostrikis oponuje, že pokud je Deltacron produktem kontaminace, sekvenování by mělo vést k omikronové sekvenci s delta-podobnými mutacemi, protože Omicron má mutaci narušující primer. Dodává, že argument kontaminace laboratoří Deltacron byl „předložen sociálními médii, aniž by se podíval na naše úplná data a aniž by poskytl jakýkoli skutečný pevný důkaz, že to není skutečné“.

Odhalit katastrofu

Jiní výzkumníci však také poukázali na to, že i když sekvence nejsou výsledkem kontaminace, mutace identifikované Kostrikisem nejsou výlučné pro Omicron a nacházejí se v jiných variantách, takže označení ‚Deltacron‘ je nesprávné pojmenování.

Thomas Peacock, virolog z Imperial College London, říká, že GISAID je plný sekvencí, které obsahují sekvenční prvky, které lze vidět v jiných variantách. Říká, že takové sekvence jsou „nabité neustále“. „Ale obecně se lidé nemusí odhalovat, protože není všude mnoho mezinárodního tisku.“

„Vědci by si měli dávat velký pozor na to, co říkají,“ řekl jeden virolog, který chtěl zůstat v anonymitě, aby se nezapletl do kontroverze. temperamentní povaha. „Když něco řekneme, hranice mohou být uzavřeny.“

Kostrikis nyní říká, že „v procesu zkoumání všech kritických názorů vyjádřených významnými vědci z celého světa k mému poslednímu oznámení“. Říká, že plánuje předložit výzkum k recenznímu řízení.

Mezitím se Kamel a další výzkumníci obávají, že takové incidenty mohou způsobit, že se výzkumníci budou zdráhat sdílet časově citlivá data. „Musíte umožnit vědecké komunitě, aby se opravila,“ říká. „A v případě pandemie musíte usnadnit rychlé sdílení dat o virovém genomu, protože tak nacházíme varianty.“