Sledování variant virů v USA se zlepšuje po pomalém startu

Po pomalém začátku Spojené státy zlepšily svůj sledovací systém, aby sledoval nové varianty koronaviru, jako je Omicron, a od začátku letošního roku posílily svou kapacitu o desítky tisíc vzorků týdně.

Viry se neustále vyvíjejí. Aby vědci našli a sledovali nové verze koronaviru, analyzují genetické složení části vzorků, které jsou pozitivní.

Prohledávají chemická písmena genetického kódu viru, aby našli znepokojivé nové varianty, jako je omikron, a sledovali šíření známých variant, jako je delta.

Je to globální úsilí, ale až donedávna Spojené státy přispívaly velmi málo. S nekoordinovaným a rozptýleným testováním Spojené státy zařídily pořadí Na začátku tohoto roku bylo pozitivně testováno méně než 1 % vzorků. Nyní se tyto testy provádějí na 5 % až 10 % vzorků.

„Genomický dohled je mocný,“ řekla Kelly Wroblosky, ředitelka infekčních nemocí Asociace laboratoří veřejného zdraví.

K tomuto úsilí přispívá přibližně 70 státních a místních laboratoří veřejného zdraví, které každý týden zajistí 15 000 až 20 000 vzorků. Ostatní laboratoře, včetně těch, které provozují Centra pro kontrolu a prevenci nemocí a jejich dodavatelé, činí celkem 40 000 až 80 000 týdně.

Před devíti měsíci bylo tímto způsobem každý týden analyzováno asi 12 000 vzorků.

„Jsme na mnohem lepším místě, než jsme byli před rokem nebo dokonce šesti nebo devíti měsíci,“ řekl Kenny Beckman z University of Minnesota, který připisuje zásluhy za distribuci federálních dolarů veřejným a soukromým laboratořím. Vede univerzitní genomickou laboratoř, která nyní zařizuje asi 1000 vzorků týdně z Minnesoty, Arkansasu a Jižní Dakoty. Před rokem laboratoř neudělala sekvenci.

Spojené státy čerpá z 1,7 miliardy dolarů z rozpočtu prezidenta Joea Bidena na pomoc při koronaviru a snaží se vytvořit národní síť, která by lépe sledovala nárůsty koronaviru.

Dr. William Moss z Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health však uvedl, že asi dvě desítky zemí mají vyšší podíl pozitivních vzorků než Spojené státy. Vznik Omicronu by mohl „motivovat Spojené státy, aby to dělaly lépe“.

„Myslím, že máme před sebou ještě dlouhou cestu,“ řekl Moss.

některé země je serializován Dr. Phil Vibo, hlavní lékař společnosti Illumina, společnosti se sídlem v San Diegu, která vyvíjí technologie genetického sekvenování, poznamenal, že pouze asi 1 % vzorků, zatímco ostatní jsou v rozmezí 20 %.

„V této věci můžeme být systematičtější a důslednější, takže se ujišťujeme, že neexistují žádné genetické monitorovací pouště, kde bychom mohli zmeškat vznik varianty,“ řekl Vibo.

S pomocí monitorovacího úsilí mohou standardní testy PCR pomocí nosních výtěrů zaslaných do laboratoří odhalit znamení, že někdo může mít omikronovou variantu. Pokud je PCR test pozitivní pouze na dva ze tří cílových genů – tzv. výsledek testu S-leak – je to známka omikronu ještě před dalším krokem genetického sekvenování k jeho prokázání.

Je to štěstí,“ řekl Trevor Bedford, biolog a genetik z Fred Hutchinson Cancer Research Center. „Pokud potřebujete serializovat výběr proměnných, bude to vždy trochu pozdě a bude to dražší. Pokud se jako výběr spolehnete pouze na tento S-dropout, bude to jednodušší.“

Řekl, že další proměnné také vyvolaly toto zkreslení ve výsledcích PCR testu, ale ne proměnná delta. Vzhledem k tomu, že Delta právě teď dominuje USA, řekl Bedford, S-výpadek bude zaznamenán. (Bedford dostává finanční prostředky od lékařského institutu Howarda Hughese, který také podporuje ministerstvo zdravotnictví a vědy Associated Press.)

Dr. Anthony Fauci, přední odborník na infekční choroby v zemi, řekl, že neexistuje žádný způsob, jak by se O’Micron mohl dostat do Spojených států.

Několik expertů uvedlo, že je pravděpodobně již zde a brzy ho zachytí monitorovací systém. Otázkou ale je, co dál?

„Nemáme takové omezení mezistátního cestování, které by umožnilo zadržet virus kdekoli,“ poznamenal výzkumník AIDS z University of Wisconsin David O’Connor.

Místo toho genetické monitorování úředníkům řekne, zda se omikron šíří neobvyklou rychlostí na místě a zda by do těchto míst nemělo být posláno více zdrojů, řekl.

Jakmile se Omicron objeví, orgány veřejného zdraví budou muset při třídění zvážit další proměnné, jako je úroveň infekce, která se již v dané komunitě vyskytuje, a míra očkování. Vážná ohniska ve vysoce opevněných oblastech by byla obzvláště znepokojivá.

Beckman z University of Minnesota však ve výrazném zhuštění sekvence nevidí nic dobrého.

„Nepotřebuji sekvenovat více než několik procent pozitivních případů, abych měl pocit, jak rychle rostou,“ řekl.

Na rozdíl od některých jiných zemí nevyužili američtí vládní úředníci pravomoc donutit lidi do karantény, pokud mají pozitivní test na znepokojivé varianty. Vzhledem k tomu je sekvenování především monitorovacím nástrojem pro sledování šíření mutací.

„Myslím, že je důležité sledovat proměnné, ale nemyslím si, že je praktické si myslet, že budeme schopni sekvenovat rychle a v dostatečně velkém měřítku, abychom zastavili proměnnou v jejích stopách,“ řekl Beckman.

___

Přispěli autoři Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone a Ricardo Alonso Zaldivar.

___

Oddělení zdravotnictví a vědy Associated Press dostává podporu od divize vědeckého vzdělávání lékařského institutu Howarda Hughese. AP je výhradně odpovědná za veškerý obsah.